Кладовище засноване німцями-менонітами, що заснували на острові в кінці XVIII століття свою колонію. Німці-меноніти володіли Хортицею до 1916 року, коли продали острів у володіння міста Олександрівська. Після 1916 року острів Хортиця увійшов до складу міста, тут виникли поселення городян, які після своєї кончини знаходили свій останній притулок на Хортицькому кладовищі. Підпоховання і нові поховання на окраїнних ділянках тривають досі. Могил німців-менонітів залишилося на некрополі не так багато, основна маса могил на кладовищі датується другою половиною XX століття. За своєю площею кладовищє невелике, на ньому кілька ділянок.