Серед них такі реліквії як клейноди, холодна та вогнепальна зброя, корабельні гармати та якорі, побутові речі запорожців, монети, документи XVIII ст. Археологічна колекція в Запоріжжі є однією з найбільших серед обласних музеїв України. Особливий інтерес представляють унікальні пам'ятки доби бронзи та скіфського часу, періодів черняхівської культури і середньовіччя. Великою є і колекція часів визвольних змагань та селянського руху під проводом Нестора Махна, будівництва Дніпрогесу, Другої світової війни та повоєнної відбудови промислового комплексу Запоріжжя. Багатонаціональна культура Запорізького краю від його заселення в XVIII-ХІХ ст. представлена у залах «Заселення Запорізького краю». Зали відділу природи приваблюють численними експонатами флори і фауни степу, лісу та Азовського моря.