Основан монастырь в 1060 г. князем Святославом Ярославичем на месте, где по легенде на одной из елей он увидел икону Божией Матери.
Архитектурный ансамбль Елецкого монастыря расположен на повышенном правом берегу реки Десна, между древним черниговским дитинцем (территория современного Вала) и Троицко-Ильинским монастырем. Вместе с сохранившимися там памятниками архитектуры он образует историческую панораму города.
Согласно преданию в монастыре некоторое время находился «отец русского монашества» Антоний Печерский. Относится к комплексу памятников НАИЗ «Чернигов древний». В настоящее время – действующий православный монастырь.