Бердянська кенаса побудована приблизно в 1899 році на місці, де знаходилася стара кенаса, з ініціативи та при активній участі братів О. М. та М. М. Панпулових, І. М. Айвазов, Б. І. Бабая. За своєю архітектурою вона вважається одним з найцікавіших споруд міста.
Наприкінці ХІХ ст. в Бердянську проживало більше 100 караїмських родин — тюркомовних послідовників караїмізму — релігійної течії, заснованої на текстах Старого Заповіту.
Ще у середині ХІХ ст. на кошти общини була збудована караїмська синагога, а в 1899 р. на цьому місці з’явився новий молитовний дім — кенасса. Вона була збудована в мавританському стилі. В 20-і роки кенассу закрили, а її майно пустили з молотка. Сьогодні здійснюються спроби повернути будівлі її культове призначення.