Бердянская кенасса построена примерно в 1899 году на месте, где находилась старая кенасса, по инициативе и при деятельном участии братьев О. М. и М. М. Панпуловых, И. М. Айваза, Б. И. Бабая. По своей архитектуре она считается одним из интереснейших сооружений города.
В конце ХІХ в. в Бердянске проживало более 100 караимских семей — тюркоязычных приверженцев караимизма — религиозного течения, основанного на текстах Ветхого Завета.
Еще в середине ХІХ в. на средства общины была построена караимская синагога, а в 1899 г. на этом месте появился новый молитвенный дом — кенасса. Она была построена в мавританском стиле. В 20-е гг. кенасса была закрыта, а ее имущество распродано. Сегодня предпринимаются попытки вернуть зданию его культовое предназначение.